楼主究竟是说“基督徒讨厌犹太人”,还是“基督讨厌犹太人”呢?你的题目是“为什么历史上基督讨厌犹太人”呀。
但是,无论是基督,或是基督徒,都不讨厌犹太人的。
基督并不讨厌犹太人,不然也不会为他们和一切外邦人舍命,在被钉于十字架上的时候,还对着他的父神高喊:“父啊!赦免他们,因为他们所作的,他们不晓得。”(推荐:梅尔·吉普森导的《耶稣受难记》,他的拍摄是较为真实的,对你理解这些会有帮助的。

不过,讲的最清楚明白的就是《圣经》了,你可以看看《新约》前四章的福音书。)
而且,耶稣来到这个世界上,就是为了最后被钉十字架,流血、死亡,以完成 神的拯救计划,救世人脱离罪。“因为世人都犯了罪,亏缺了 神的荣耀,如今却蒙 神的恩典,因基督耶稣的救赎,就白白的称义, 神设立耶稣作挽回祭,是凭着耶稣的血,藉着人的信,要显明 神的义,”(罗3:23-25)所谓献祭,必须流血,“因血里有生命,所以能赎罪。”(利17:11)但这血必须是圣洁的,无罪的,只有耶稣是无罪之身,他来到这个世上,就是为了将自己献祭。“为义人死,是少有的;为人仁死,或者有敢做的。惟有基督在我们还做罪人的时候为我们死, 神的爱就在此向我们显明了。”(罗5:7-8)等等,《圣经》中有好多这样的话语。因此不是犹太人杀害了耶稣,而这是上帝的本意,《旧约》以及耶稣自己也多次预言自己的死。当彼德拦阻耶稣进入圣城时,耶稣却责备他不体贴 神意。
说得更深一些,这还牵扯到三位一体的问题。基督是 神的形态之一,但都是归为一体的。“ 神爱世人,甚至将他的独生子赐给他们,叫一切信他的,不至灭亡,反得永生。”(约3:16)“ 神既不爱惜自己的儿子为我们众人舍了,”(罗8:32)这“众人”可就指的是我们一切人,有外邦人,更是犹太人,他们是 神的选民,神为他们赐下基督,也就是耶稣,是为了拯救他们,缘何讨厌呢?
基督徒也不应讨厌犹太人。一个真正的基督徒,他根据《圣经》来看,这一切都是很明朗的,他会知道这是上帝的本意,是救赎的工作,应心怀感激,而不会迁怒于犹太人什么的。基督也教导人们不要论断人,要彼此相爱,连仇敌都要爱,更何况是犹太人。况且,在 神面前,“没有义人,连一个也没有。”(罗3:10)“因为世人都犯了罪,亏缺了 神的荣耀,”(罗3:23)
在约翰福音中有一个审判有罪妇人的故事,经过我就不讲了,根据摩西律当被石头打死,耶稣却对众人说:“你们中间谁是没有罪的,谁就可以先拿石头打她。”(约8:7)结果人们全部离去了。罪人不能审判罪人,因此,基督徒亦不能论断别人的罪,因为他自己就是活在罪中的。至于为什么会有些基督徒讨厌犹太人,我想,毕竟都是人,基督徒也是人,只挑别人的刺,而看不到自己眼中的梁木,这是人类的通病吧。